紧急避孕药主要副作用是可能会造成造成月经紊乱及宫外孕。月经紊乱持续时间通常在1个月左右。紧急避孕药是高效孕激素，会影响到下次的月经来潮，使下次月经提前或推后，或者使下次月经经期延长。
通常时间为1个月左右，会影响下次的月经，但是不会影响下下次的月经。因此，在一次月经过后，紧急避孕药副作用就不会再有影响。
其次，服用紧急避孕药后可能会造成宫外孕。与月经紊乱相比，宫外孕是较危险的副作用，使用紧急避孕药后，一定不能掉以轻心，要注意检查，如果发现已经怀孕，要特别小心宫外孕可能。宫外孕属于妇科急症，更要注意及早发现，以免影响危及生命。
