一般克雷伯杆菌肺炎首选抗生素，是三代头孢和四代头孢，如头孢他啶、头孢克肟、头孢唑肟等，头孢吡肟也为四代头孢，即常用的抗生素，并且抗菌活性较强。
除头孢类的抗生素，即β-内酰胺类以外，常用的还有大环内酯类、喹诺酮类以及氨基糖苷类。如果患者入院后发现咳砖红色的痰，需高度怀疑克雷伯杆菌肺炎，这时给予头孢类的抗生素，如果对头孢过敏，可以选择青霉素类或大环内酯类，如哌拉西林、他唑巴坦、阿奇霉素、克拉霉素以及阿米卡星，喹诺酮类有左氧氟沙星、莫西沙星。
如果诊断为克雷伯杆菌肺炎，可能已经做过药敏，目前克雷伯杆菌肺炎还有是耐药以及高毒立，所以对于选药提出更高要求。克雷伯杆菌肺炎培养阳性率较高，培养出细菌之后再根据药敏选药，从而针对性更强、治疗更好。
