胃肠间质瘤患者治疗方法与多数其他实体类肿瘤相似，即药物治疗和外科手术。但胃肠间质瘤较为特殊的是作为消化系统肿瘤，在所有实体肿瘤中对靶向药物疗效十分明确，因此可将胃肠间质瘤患者分为几类人群，常见治疗方法如下：

1、晚期治疗：对于初诊即为晚期患者可通过外科手术进行治疗，晚期包括复发、转移或初始不可切除的肿瘤。此类患者首先考虑病理活检以明确胃肠间质瘤的诊断，然后开始相应的靶向药物治疗；

2、手术治疗：初期可切除肿瘤的患者，最佳治疗手段是通过外科手术实现根治性切除。根据切除后病理分析，可对此类患者危险度进行分级，从而决定术后是否需要接受靶向药物的辅助治疗；

3、围手术期治疗：对于部分患者肿瘤较大或部位较为特殊的情况，直接进行手术可能存在较大难度或风险，手术可能涉及到多个脏器联合切除。对于此类情况可采取围手术期的药物治疗或术前新辅助治疗方式，患者于术前经过活检取得明确病理证据，进而开始靶向药物治疗，在肿瘤逐渐缩小并降期后再开展外科手术治疗，术后可能根据具体病理情况再行序贯后续靶向药物治疗。