肠道菌群失调时肠道环境被打破，肠道本身会出现症状，如大便习惯改变、腹胀，也可能会出现其他系统问题。但肠道菌群失调与疾病之间的关系尚不明确，若确定某种细菌与疾病有关，则可能是感染性疾病，而非肠道菌群失调。

较为明确的肠道菌群失调引起的疾病，是抗生素相关性腹泻，部分严重感染患者在大量应用抗生素以后，不仅杀灭病变部位的致病菌，同时也可能杀灭肠道内正常存在的菌，从而造成肠道菌群紊乱，引起严重的顽固性腹泻。肠道正常菌群环境破坏以后，难辨梭状芽孢杆菌等机会感染菌会在菌群紊乱的情况下引起肠道疾病。