良性甲状腺瘤治疗根据情况而定，一般引起严重甲亢或者恶性风险的情况，可以考虑甲状腺腺叶部分切除。恶性甲状腺瘤治疗以手术为主，部分患者术后需要辅以药物治疗。药物治疗主要包括甲状腺素片替代治疗，如术后出现甲减患者可能需要进行甲状腺素片终身的替代治疗，此外还包括内分泌治疗及靶向药物治疗。

除手术治疗外，还要对患者进行健康教育和心理指导，也是疾病治疗的一部分。囊性甲状腺腺瘤可能会出现囊内出血，造成甲状腺结节迅速增大，有引起呼吸困难和窒息的可能，需酌情进行应急就医。所以甲状腺瘤治疗根据病理情况多以手术为主，辅以药物和其他对症治疗。