从解剖角度讲，前型尿道下裂对生育影响较小，但中间型和后型尿道下裂因为开口偏低，排精很难排到阴道后穹窿附近处，影响受孕，从而影响生育。从并发症的角度讲，很多先天性尿道下裂可以合并隐睾，尤其是重度尿道下裂。大概15%重度尿道下裂可以合并性别异常，即DSD，此部分比较复杂，对生育影响有很大的影响。

尿道下裂的治疗国外比国内要早，出生后6-18个月开始手术治疗，国内患者相对偏晚，一般主张1-3岁间进行手术治疗。如果患儿手术治疗过晚，以后会留下很大心理阴影，包括交友等一系列社会问题。