真菌性脑膜炎的治疗方法如下：

1、首选抗真菌药物：目前常用的有两性霉素B、两性霉素B脂质体，除此还有三唑类药物，如一代的氟康唑、咪康唑和伊曲康唑，二代的伏利康唑。但所有抗真菌药物的副作用均比较大，可能会导致高热、头痛、恶心、呕吐、贫血、肝肾功能不好等问题，所以在整个治疗过程当中，需要监测血常规、肝肾功能及神经功能状况，尤其是两性霉素B，在应用的时候要注意以上情况；

2、抗脑水肿的治疗：因为真菌性脑膜炎的患者往往颅内压力较高，此时应选用脱水剂，如甘露醇、速尿进行脱水治疗，防止颅内高压的继续扩展或者增强；

3、营养支持的治疗：包括蛋白或者营养物质的摄入，给予营养支持；

4、对并发症的防治：因为真菌性脑膜脑炎患者的病情较重，长期卧床不起，可能会继发二重感染，包括肺部感染、泌尿系感染，或者免疫力低下后继发二重感染，包括结核、弓体虫等，所以要进行相应的预防；

5、免疫增强治疗：选用日达仙类的免疫增强药物进行治疗；

6、远期康复治疗：包括肢体康复治疗、精神状态和心理的康复治疗。