早上不吃早饭对消化系统伤害主要集中在这两个部位，即胃和胆囊。每天凌晨的时候胃中会有大量新生的质子泵分泌胃酸，泌酸小管基本单位就在凌晨进行大量更新，因为质子泵更新，再加上一些激素导致胃酸很多。如果食物不能将它中和，胃病的发生率会比较高，可产生各种各样的疾病。

因为食物在胃中可以形成保护，早上不吃早饭会导致空腹时间过长，胆囊不将胆汁排出。可导致胆汁淤积时间过长，滋生和继发胆囊结石，小结石一点点的变成大结石，需要手术来解决。