腮腺区可以发生囊肿，但是发生率较低，主要是在发育过程中没有正常吸收上皮分泌液体形成的囊腔引起的。鱼类有鳃，人也一样，在胚胎期间有第一到第四，四个腮弓，当其退缩的上皮没有完全吸收时，会形成小水库样的腮腺区囊肿，即鳃裂囊肿，特别是第二鳃弓。
腮腺发生更多的是肿瘤或者炎症，肿瘤在腮腺区主要以良性肿瘤为主，占70%，多见混合肿瘤，也有少数是恶性肿瘤。炎症主要是腮腺炎，也会引起腮腺肿大，特别是年老体弱病人，会出现化脓性腮腺炎。所以腮腺区囊肿发生的较少，多数是发育性的。发现腮腺区有肿大时，尽量要到门诊鉴别到底是囊肿还是肿瘤，如果是肿瘤需要开刀；如果是炎症，可以用内科方法缓解。