结膜炎大部分情况下可以自愈。结膜炎通常是指病毒性结膜炎，即红眼病，由于致病菌不同，患者可在7-14天自愈。但不是所有的结膜炎都会自愈，比如过敏性结膜炎，一到过敏季就会发作。

病毒感染或细菌感染引起的结膜炎也会自愈，因为机体内有抵抗力，比如细菌感染引起的结膜炎，分泌物较多甚至脓较多，这个时候机体的抵抗力会将细菌慢慢清除，结膜充血慢慢减退，分泌物也会减少，患者即可自愈。若情况严重，如链球菌感染，即淋病引起的结膜炎，部分患者甚至会出现角膜穿孔，因此不能等待自愈。