萘普生和布洛芬，都属于非甾体类的抗炎药，属于同一类药物，因此作用基本相同，具有解热、镇痛、抗炎的主要功效，因此两种药物，一般无法比较哪个更好。
从疗效上而言，萘普生对于解热、镇痛、抗炎作用，较布洛芬好。但从不良反应上而言，萘普生对于胃肠道的不良反应，以及全身系统性的不良反应，较布洛芬高。如果用于普通的退热，无论是感冒感染，或其他原因引起的发热，萘普生的退热作用，较布洛芬好，与布洛芬到底使用哪个，一般区别并不大。
如果用于治疗风湿、类风湿，或骨性关节炎等疾病，萘普生的治疗效果，较布洛芬好。布洛芬对药物的耐受性较萘普生高，因此在疾病时候，选择何种药物，一般由医生根据病人病情、个人的体质，以及不良反应进行选择。
如果患者年龄较大，对不良反应的耐受较低，选用布洛芬较好，如果需要比较剧烈的药物才能够退热，萘普生的效果会较好，而且使用1-2次，不良反应较小。如果需要长期使用，布洛芬较好，对于风湿、类风湿萘普生效果较好，如果短期使用，二者没有太大区别。
