气管食管瘘治疗也没有过多选择，只能通过手术治疗。现在可以通过内镜治疗，即通过胃镜把瘘口进行缝合。这是新技术，国内甚至国际上只有少数医院做，经验技术还不是特别成熟，技术还不是特别普及，大多数病人还要通过手术治疗。

手术治疗也分为传统开胸手术和微创胸腔镜手术，微创胸腔镜技术现在越来越普及，因为微创手术创伤小、安全性高、并发症少，通过把气管和食管中间瘘管分开、切断，然后分别缝合，进行治疗，最后达到治疗效果。