肺孢子菌肺炎称作卡氏肺囊虫疾病，通常见于免疫功能极度低下患者，例如艾滋病患者、肿瘤放化疗患者、器官移植以后患者。除针对原发病基础疾病治疗以外，主要是针对肺孢子菌病原学治疗，首选药物是复方磺胺甲恶唑。同时，糖皮质激素可抑制肺孢子菌炎症发生。

患者如果明确诊断是肺孢子菌肺炎，应该及时住院就诊。此类疾病带来临床后果比较严重，患者本身有基础疾病，免疫功能低下，要注意免疫功能修复。