肛瘘手术会有一些痛苦，但具体情况根据病情而定，而且肛瘘手术间的差距非常大。如果是低位、单纯性肛瘘，治疗起来非常简单，痛苦比较小。如果是复杂、高位肛瘘，治疗比较痛苦，创口比较大，因为瘘管涉及括约肌非常多，括约肌在进行挂线时会比较疼。现在采用虚实结合挂线疗法，比传统挂线方法简单很多，痛苦较小，损伤较小，但是不会一点痛苦都没有，因为瘘管高，要彻底敞开，挂线对肌肉是一种损伤，因此会有疼痛。一般痛苦期大概10天，10天后基本无太多痛苦，到20天时拆线，如果完全长好，可能需要1.5-2个月。如果是低位、表浅、单纯肛瘘，2-3周可长好。
总之，不同肛瘘的差别很大，高位肛瘘在治疗过程中有一定痛苦，但现在采取很多止痛措施，包括坐浴、输止疼药、口服止疼药等，效果非常好，一般患者可以耐受。
