幽门螺旋杆菌是否可以自愈，目前暂不明确，并没有研究表明其可自行治愈。但是通过大量临床观察显示，幽门螺旋杆菌在成人中感染以后，发现没有通过治疗，有时检测会出现阴性或者检测时已经没有阳性指标。但是抽血中会查出幽门螺旋杆菌抗体是阳性，则提示曾感染过幽门螺杆菌，但并没有经过系统的治疗。
如果幽门螺旋杆菌通过呼气检测出现阴性，可认为幽门螺旋杆菌可以通过自身体内的免疫系统被杀灭掉，不再存在，所以不要太紧张。幽门螺旋杆菌往往在成人出现，儿童感染的可能性较小，因为儿童免疫系统发育不成熟，感染幽门螺旋杆菌估计要经过一段时间，因此临床上并不主张儿童积极抗幽门螺旋杆菌治疗。