MR即为磁共振，对软组织的分辨率高，且具有多参数，对显示原发性肝细胞癌有很好的优势。在磁共振检查中，原发性肝细胞癌通常表现为T1呈低信号、T2加权呈高信号、弥散加权呈高信号，增强扫描表现为动脉期富血供。动脉期明显强化，肝动脉的供血强化程度高于正常的肝实质，表现为高信号。

在门静脉期，强化会消退，表现为信号低于肝实质，原发性肝细胞癌磁共振上的强化特点以快进快出为主要表现。在延迟期，病灶周边会出现环形假包膜。磁共振可很好的显示出原发性肝癌瘤灶的大小、分布、数量及是否有门静脉癌栓、肝门淋巴结转移，尤其对于肝硬化的患者，肝脏内多发的结节是肝硬化结节，还是已发生的癌变结节，具有较好的鉴别诊断价值。