对于目前的医疗水平，鼻息肉手术的较大后遗症是鼻息肉复发。鼻息肉通常与个人体质有关，嗜酸性粒细胞增多的患者更易在手术后出现鼻息肉的复发。医生在患者术前谈话中会说明鼻息肉手术的风险，若患者出现风险，则属于手术的后遗症。若损伤到患者筛骨的水平板，可能会造成脑脊液鼻漏。若损伤到患者眶纸样板，则会造成眼球运动障碍、眶内感染等。
对于目前现有的医疗水平，尤其鼻腔手术导航的存在，患者发生严重并发症的可能性较小。鼻息肉手术后患者需口服糖皮质激素，使用抗生素，同时使用鼻用的糖皮质激素以及黏液促排剂，使鼻腔鼻窦的炎症尽快得到引流、恢复。在术后医生通常会根据患者的恢复情况，间隔2周或1个月进行鼻腔镜下的清洗复查。
