尿路感染最常见的致病菌是革兰氏阴性杆菌。尿路感染发生最主要因素，一方面是局部和全身抵抗力降低，还有一方面就是致病的病原菌感染。

在临床工作中通过中段尿培养，可以判断导致患者尿路感染的病原菌，发现最常见的仍然是革兰氏阴性杆菌，而且很多都是从肠道、消化道来的革兰氏阴性杆菌，比如大肠杆菌、大肠埃希菌、粪球菌等，这些病原菌是最常见的导致尿路感染的致病菌。

但是与此同时，随着目前抗生素应用得越来越广泛，临床发现既往的一些可能与呼吸道感染有关，甚至与皮肤感染有关的致病菌，也会导致尿路感染，比如金黄色葡萄球菌、肺炎克雷伯菌等。还有一部分患者因为其他感染，长期应用不同的抗生素，长期应用抗生素以后，就导致身体出现菌群失调，这类患者通常在金黄色葡萄球菌、肺炎克雷伯菌两类细菌导致尿路感染的基础之上，还会合并真菌感染。

这个时候需要根据患者的病史、中段尿培养结果，明确是否存在真菌感染、是哪种类型的真菌感染。可能在治疗时，也要考虑进行联合治疗，这样才能彻底把复杂性的尿路感染控制好。