无痛胃镜和普通胃镜检查的区别，在于是否进行麻醉。胃镜检查无论是无痛胃镜或者普通胃镜，均需进行传染病排查，包括肝功能、生化全项检查。45岁以上的年长患者，通常需要进行心电图检查。传染病包括乙型病毒性肝炎、丙型病毒性肝炎、梅毒、艾滋病，目前必须进行新型冠状病毒的相关检测。如果进行内镜下治疗，则需要检查凝血功能。无论无痛胃镜，或者普通胃镜，均需要进行上述检查。

医生进行胃镜操作也没有区别，仅在无痛胃镜输液时，摆好体位以后，麻醉师会推入麻醉药。麻醉药是速效麻醉药，起效较快，并且代谢也较快，通常使用丙泊酚和瑞芬太尼。患者很快进入睡眠状态，在进行胃镜时没有任何感觉，之后即可清醒，并且麻醉药用量较小，对人体损害也较小。进行无痛胃镜手术以后，有些人会出现头晕，此时必须有专人陪同，全天不能驾车，不能从事精细工作。