孕期治疗口腔溃疡和平时治疗口腔溃疡没有特别大的区别。可能主要是有一些患者担心，口腔溃疡中含有的药物成分会不会对胎儿有影响。因此，需要了解所用的药物里含有的成分。
如果是治疗口腔溃疡一般的软膏，软膏类只含有止痛成分和微量的激素成分，不用特别担心，任何人都可以用。但若其中含有抗生素成分，如果抗生素只是比较广谱的抗生素，类似于红霉素，其实对胎儿也没有影响。
但如果是喹诺酮类或者硝基咪唑类，尽量不要用，贴、抹也是一样。还有对于一些漱口的药物，比如口泰(复方氯己定含漱液)等漱口水，里面含有甲硝唑。虽然是漱口含漱，最后会含漱都吐掉，但不可避免可能会吞咽进去一点。对于甲硝唑类的药物，对胎儿还是有部分影响，尽量能不用就尽量不用。
部分中药的漱口水，上面说明书写的孕妇可以使用。因此部分中药漱口水，如果能够对口腔溃疡起到止痛、收敛、消炎的作用，这类漱口水也可以使用。
