孕期不建议接种HPV疫苗，如果正在注射HPV疫苗，同时发现怀孕，可以暂停接种，等哺乳期结束后再完成余下的免疫程序。接种HPV疫苗后可以马上怀孕，无需等待。对于过敏体质、感冒、发烧、免疫力低下的患者，不建议接种HPV疫苗。HPV疫苗接种前无需检测有无HPV感染。
如果接种被迫中断，无论任何时候再次启动均有效，不需要重新接种，只要继续接种剩下的剂次即可。目前已经上市的HPV疫苗只有预防作用，不具有治疗作用。此外，接种九价HPV疫苗后只能预防90%的宫颈癌，不能预防100%，因此有性生活的女性还要进行常规宫颈癌筛查。
