肛瘘手术不是仅处理坏死组织，手术需要清除部分陈旧的感染组织，清除可称为刮除，不仅处理陈旧的炎性组织。肛瘘有2个口，即内口和外口，内口和外口之间是瘘管。肛瘘手术主要目的是找到内口后将瘘管打开，让瘘管组织从底部向外生长，将瘘管完全封闭，此为肛瘘手术关键的步骤。

将坏死组织切除仅为肛瘘手术中的次要手术步骤，部分肛瘘没有坏死组织，仅有炎性组织，把瘘管开放后不切除炎性组织，也能达到治愈目的。目前主流的2种手术中，其中一种为将瘘管切除，比如将肛瘘炎性组织完全切除。另一种是不切除肛瘘炎性组织，仅完全开放瘘管，以上2种手术的手术效果和术后复发率差异较小。