肾结石的诊断，首先取决于患者是否有明显临床症状，其次是必要的影像学检查。一部分患者由于结石较小，未形成梗阻，可能没有任何临床表现，这类肾结石通常在体检时发现。B超是一个简单、安全、有效诊断肾结石的方法，对2mm以上的结石诊断准确率非常高，而且安全无创。
患者如果有明显的临床症状，可以表现出典型的肾绞痛症状、血尿症状以及恶心、呕吐等临床表现。在此基础上，应用影像学检查进行辅助诊断，影像学检查的选择方面，可以用B超作为筛查方法。通过腹部平片进一步检查，腹部平片对90%的结石诊断准确，但是由于尿酸结石和黄嘌呤结石是透光结石，推荐做静脉肾盂造影，可以显示整个尿路的情况，以及阴性结石、肾功能情况。
目前临床上对于泌尿系统结石，尤其是肾、输尿管结石，推荐的检查项目是肾脏CT平扫，通过整个尿路的显像可以发现1mm以上的结石。其他检查，比如CTU、MRU等检查手段，在特殊情况下才应用。
