男性尿道流脓刺痛一般推荐服用抗生素和清热通淋的中成药，其中抗生素包括左氧氟沙星、头孢克洛或阿奇霉素，而清热通淋的中成药包括癃清片、八正胶囊、复方金钱草等，需要根据患者的具体情况选择合适的药物。
大部分男性尿道流脓刺痛是普通细菌感染所导致，如大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、变形杆菌，常与男性包皮过长、平时不注重个人卫生、有包皮炎或包茎有关，所以一般男性尿道感染首选抗生素治疗，而其中首选抗生素是左氧氟沙星，因为喹诺酮类抗生素对此类细菌覆盖较好，杀菌力强，并且在尿液中有效杀菌浓度比较高。但如果是小于18岁的男性，因为喹诺酮类抗生素会影响骨骼发育，此时建议服用头孢类抗生素，如头孢克洛。而如果男性尿道流脓刺痛被证实是淋病所引起，则建议口服或静脉使用头孢类抗生素，其中口服抗生素同样建议选用头孢克洛。另外，如果是非淋菌性尿道炎，即支原体、衣原体引发的感染，建议服用大环内酯类抗生素，如阿奇霉素。
另外，在使用抗生素的同时还可以使用清热通淋的中成药，从而使患者症状可以较快改善。
