狭颅症手术并发症发生比例较高，但是后遗症不多。常见的手术并发症有术后感染、术后贫血，最大的后遗症是术后头型恢复未达到预期。此外，狭颅症还可能会累及眼眶、面部发育，部分狭颅症容易引起面部骨质或牙列异常，甚至出现反(牙合)的情况，如地包天，以及突眼、智力偏差等情况。

但是手术只会对患儿提供帮助，而不会造成比疾病更加严重的后果。狭颅症手术的基本原则是通过打开各个狭窄、限制患儿发育的颅缝，使大脑得到更好的发育。如果患儿合并有眼眶或面部畸形，需要通过多次手术进行治疗，也会增加手术本身的风险。