高烧39℃是否严重主要根据病因、治疗措施判断。发热39℃一般比较严重，要采取积极有效降温措施，对因处理，做病因治疗。39℃以上属于高烧，发烧分为低烧即低热，中低热。高烧39℃带来的危害可能会发生休克、脱水、继发酸碱中毒，假如不采取积极有效措施，也有一定风险或者有一定危险。相应降温办法有物理降温，也可以通过各种药物退烧，也可以温水擦浴或者酒精擦浴等退烧。还可以用对乙酰氨基酚一类药降温，也可以多喝水降温。

假如是肺炎导致高烧39℃-40℃，需要经过积极综合性治疗，才能够把危险性减低到最小。若不治原发病，单纯退烧可能有一定风险。