肝内胆管结石若无其他不适症状，多数患者无需进行处理。因为结石不会引起严重的并发症，也无需进行手术治疗。

如果患者是弥漫性的肝内胆管结石，处理较为麻烦，因为病情会反复发作，进而导致胆汁性肝硬化。因此必要时需进行肝移植。如果患者是局灶性的肝内胆管结石，多建议进行手术治疗。

目前就肝内胆管结石的发病率分析，需要进行治疗的情况并不多。但其较麻烦的特点在于结石难以取净，并且本病容容易复发，容易引起并发症。