巧克力囊肿是由于经血逆流，经血中有生存能力的细胞在雌激素的影响下不断复制长大，造成巧克力囊肿。预防复发主要是让经血不再逆流或者没有经血，即可以达到预防的目的。患者一旦怀孕，再加上哺乳时间，将近两年的时间没有月经，这是非常好的预防复发策略。

如果不想生育，可以用药物减少月经，或不来月经，比如口服避孕药，使用高剂量孕激素，甚至促性腺激素释放激素激动剂即GnRHa，月经量会减少甚至不来后，也能起到预防复发的目的。