甲状腺功能减退症多为终身性疾病，需要长期口服药物治疗，以维持患者体内的甲状腺激素水平，同时定期复查甲状腺功能来调整药物剂量。临床上治疗甲状腺功能减退症，主要使用人工合成的甲状腺激素，一般不会造成副作用，也很少引起过敏反应。通常各项治疗指标的正常是药物维持的结果，检查确定甲状腺指标正常的情况下，也需要定时定量的坚持服用药物，才能避免甲状腺激素的分泌和合成量再度出现下降，从而对患者身体造成更大的损害。如果患者擅自停药，会造成甲状腺激素水平迅速下降，体内甲状腺激素水平不足会出现食欲减退、水肿甚至甲减危象，危及患者的生命，尤其在怀孕期间，此时母体对甲状腺激素的需求量增加，若补充不足，则会影响到胎儿的生长发育。