拔牙时牙根没有拔干净，主要根据牙根情况分析影响。断根可能大多数均会被医生掏出，但有时无法掏出，或者掏根风险过大，比如部分上颌的根，强硬进行掏根可能会掉到上颌窦内，或者掏下颌根时，可能会损伤下牙槽神经，导致嘴唇麻，此时便避免强行掏根。因为如果牙根很短，比如2-3mm，放在拔牙窝内可能自行逐渐吸收，部分甚至可能会自行排出，一般影响较小，也不用过于紧张。
如果有牙根断得很长，比如2/3均断在里面，还是应尽力将其拔出，可以将牙槽骨多去除一部分，尽量将其拔出。但是如果存在特殊情况，比如牙位置很高、很低等，根实在拔不出来，也避免过于紧张，但需要密切观察，比如发炎，需要控制炎症，必要的时候，通过做稍大一点的手术也要将根拔出。如果没有特殊情况，观察半年、一年，拍片均可以，有时会自行排出，此时再拔可能就比较好拔。
