腋臭根除术最好去的科科室，应该是整形外科，因为整形外科医生对于腋臭，即大汗腺的去除比较准确，同时对于腋下皮肤的保护，也会更仔细、更充分，这样既能达到根治的效果，同时又能最大限度的保留腋下的皮肤，尽量让疤痕的痕迹遗留最少。此外，也有一些其他科室，如皮肤科和普通外科，也会接受部分治疗腋臭的病人。

但是皮肤科大多采用局部用药治疗，部分皮肤科可能会建议使用仪器，比如激光、微波等。激光只是单纯烧灼腋下皮肤，达不到根治腋臭的作用，微波会有一些效果，但相比较手术，改善程度还是相对有限。普外科医生治疗腋臭时，会把腋下这部分有气味的皮肤、有汗腺的皮肤切除，这种切除能够根治，但是后期遗留的疤痕会比较明显，也比较难看，同时可能会影响到上肢活动的功能，因此很多病人逐渐不前往普外科做手术。所以，建议最好还是到整形外科做腋臭根治手术。