腔隙性脑梗塞实际上称为腔隙性脑梗死，指穿通动脉梗死。脑血管通常是皮层支和穿通支为脑部细胞供血，脑部血管沿着大脑表面走行，在大脑中间不断发出穿通动脉，给脑子深部的脑组织白质供血，称为穿通动脉。

穿通动脉闭塞后会出现小的软化灶，通常称为腔隙灶，为0.5-2cm大小。现在发现穿通动脉也有分支，如果穿通动脉主干较多，分支较大，也可能>2cm。脑血管堵塞后，脑细胞缺血坏死，坏死的细胞被吞噬细胞吞噬之后就形成空腔，空腔中充满脑脊液，做CT和核磁时，发现有腔隙性的脑软化灶或者脑梗死灶。