流行性乙型脑炎在热带地区全年均可发生，在亚热带和温带地区有严格季节性，80%-90%病例集中在7、8、9三个月。东南亚和西太平洋地区是乙脑的主要流行区，我国除东北、青海、新疆及西藏外，均有本病流行，农村发病率高于城市。流行性乙型脑炎是人畜共患的自然疫源性疾病，感染乙脑的人和动物是传染源，猪是乙脑的主要传染源和中间宿主，蚊虫是乙脑的主要传播媒介。

流行性乙型脑炎患者主要集中在10岁以下的儿童，以2-6岁组发病率最高，大多数成人因隐性感染而获得免疫力，婴儿可从母体获得抗体而具有保护作用。近年由于儿童和青少年广泛接种疫苗，成人和老年人发病率相对增加。总体而言，随着疫苗的广泛接种，我国乙脑发病率已逐年下降。