耐药菌感染的治疗疗程，不同细菌感染、不同人群感染、感染部位不同，以及治疗是否及时、病情严重程度如何，都会影响治疗疗程。
比如耐甲氧西林的金黄色葡萄球菌感染，也就是常称的MRSA，如果引起感染是在肺部，疗程相对比较短，可以病程在1周或者4周的时间。这个时间的跨度较大，部分病情稍轻的可能1周时间就能治疗好，但是部分严重的可能病程要延长到4周。
所以对于耐药菌感染，取决于患者多种因素、是否有基础病，感染的病情是否严重，每个人的疗程存在着很大的个体化差异。
另外，MRSA对于其他部位的感染疗程又有所区别。比如MRSA，如果入血引起败血症，治疗疗程一般可能要在2周以上，严重的患者可能会达到4周或者更长时间。
如果MRSA引起了感染性心内膜炎或者骨髓炎，疗程可能会在4-6周的时间。如果MRSA引起了骨关节炎，疗程可能会达到8周以上。所以不同部位的感染，以及病情严重程度不同，治疗疗程存在着非常大的差异。
