要消除甲沟炎的肉芽，一方面要消除炎症、局部消毒，使用一些抗感染的药物来控制炎症，另一方面，要使指甲外翻，改善嵌甲畸形。对于顽固性的嵌甲、顽固性的甲沟炎，需要手术才能够彻底根治。

甲沟炎的肉芽表示局部有慢性炎症增生，出现病理的组织结构。针对这种炎症，要控制炎症、消除水肿，可以使用碘或碘伏定期消毒，必要的时候使用抗生素，包括口服抗生素和外用抗生素，达到消炎消肿的目的，也可以使用70%或75%的酒精持续性湿敷，来产生局部肉芽消肿的作用。

此外，需要让指甲外翻生长，避免嵌甲存在。在剪指甲的时候要留长指甲，而不是把指甲修剪过短，尤其是在甲沟部位的指甲，要适当留长。如果指甲不能生长，可以采取指甲下填塞棉花或使用导板牵引的方式，来改善指甲嵌甲的畸形，促进指甲往外生长。

当指甲能够外翻，超过肉芽的时候，埋藏在甲沟下面的指甲，对甲沟的肉芽刺激，就会逐渐消除，甲沟炎的肉芽也会逐渐消除。对于一些长期慢性存在的肉芽，需要去看医生，采取一些有创的治疗，其中包括麻醉以后采用电凝、烧灼或者是用苯酚烧灼的方式，将生长的肉芽消除。

针对顽固性的嵌甲，可以采取手术治疗，将肉芽组织切除，同时切除埋藏在肉芽组织下方的甲床和部分甲根，进行彻底根治，又称之为甲沟成形术。