烟雾病手术本身是一种增加脑血流的手术，一般顺利时没有后遗症。很多病人会感到术后的状态比手术前好很多，所以有后遗症多为手术并发症，在出血后或大面积脑梗塞后可导致较为严重的后遗症。尤其出血后，可能导致病人神经功能比术前严重的恶化，如偏瘫、一侧肢体麻木、大小便失禁均可存在。
但梗塞的康复时间要根据梗塞面积大小决定，如果术后梗塞面积较大，也可能需长时间康复治疗才能恢复，而很多情况下可能无法恢复到手术前状态。烟雾病手术从循证医学角度而言是一种相对并不完美的手术方式，并不能解决所有的脑血流问题，而且有可能出现并发症或后遗症。有部分病人手术后可能出现癫痫发作，但度过手术急性期，并经过药物治疗后，往往能够康复。
