原发性婴幼儿型青光眼的治疗是国内外难题，因为原发性婴幼儿型青光眼尚未有非常有效的治疗方法，主要治疗手段有药物治疗和手术治疗：
1、药物治疗：需要注意没有绝对安全儿童青光眼用药，同时由于儿童青光眼发病机制与成年人青光眼相比有很多不同之处，甚至更为复杂，有些先天性青光眼患儿还可能合并全身其它器官发育不良。因此在儿童时期用药物治疗青光眼时，需要取得患者父母和家长的理解、配合，只有这样才能达到药物治疗目的。同时注意某些青光眼药物对儿童可能产生明确不良反应，比如在阿法根滴眼液中有明确报道过，婴幼儿使用这种药物可能出现脉搏变缓甚至呼吸骤停症状；
2、手术治疗：先天性青光眼患儿一旦发现，建议尽早手术，但这个手术要在安全前提下进行。如果全身麻醉允许的情况下，建议先天性青光眼患儿尽早施行手术。常见手术方式包括小梁切开术、小梁切除术、近年发展的青光眼引流阀植入术。