结核性脑膜炎可以治愈，结核性脑膜炎明确治愈标准为临床症状完全消失、脑脊液恢复正常，疗程结束后2年内无复发，且在此基础上应继续随访4-5年，无异常变化则表示完全治愈。结核性脑膜炎的预后与患者年龄、病情以及是否及时治疗相关，治疗越早预后越好。
发病时昏迷为预后不良的重要指征，临床症状、体征完全消失，脑脊液细胞数、蛋白、糖和氯化物恢复正常提示预后良好。此外患者死亡率的和高龄、延迟诊断及治疗、用药不合理、患者意识障碍、神经系统体征及脑脊液蛋白量增高也存在相关性，老年结核性脑膜炎患者的临床症状表现不典型，全身症状较差，合并症较多病死率较高，艾滋病感染合并结核性脑膜炎病死率也更高。结核性脑膜炎患者的死因多为多器官功能衰竭、脑疝等，幸存者可能会遗留后遗症，如儿童精神发育迟滞、癫痫发作、视觉障碍和眼外肌麻痹等。
