扁桃体主要是在耳鼻喉科就诊，如果儿童年龄比较小，而耳鼻喉科挂号较难，也可以在儿科就诊。扁桃体最常见的疾病是扁桃体炎、扁桃体肿瘤、扁桃体生理性肥大、扁桃体焦化以及急性传染病表现在扁桃体产生伪膜，其中扁桃体炎包括急性扁桃体炎以及慢性扁桃体炎，扁桃体肿瘤包括包括良性肿瘤、恶性肿瘤。

急性扁桃体炎主要靠药物治疗，常用药物是青霉素或者是头孢类抗生素。慢性扁桃体炎如果未出现症状，一般不需要处理，如果存在反复发炎的病史，可能需要手术干预，尤其是扁桃体每年超过3次发炎且持续超过2年，建议尽快进行手术切除。部分疾病会引起扁桃体周围炎或者扁桃体周围脓肿，或者存在扁桃体角化，保守治疗效果不佳，也可以手术切除。

如果扁桃体引起全身疾病，比如肾小球肾炎、风湿热或者膝关节炎症，均可以切除扁桃体。此外出现扁桃体肿瘤，或者扁桃体未出现发炎，也并非属于肿瘤，但是非常肿大，已经影响患者的呼吸、吞咽、睡眠打鼾，也是建议尽快进行手术切除，手术一般在耳鼻喉科进行。