沙眼是由于沙眼衣原体感染结膜而引起，多数因接触性感染引起，最常见原因是手沾染了沙眼衣原体后揉眼睛导致的接触性感染，还常见于多人共用一块毛巾或洗脸盆、使用被沙眼衣原体感染水源洗脸导致沙眼感染。

沙眼感染结膜后会以包含体的形式进入到结膜细胞内，引起沙眼症状及体征。此外，沙眼不会通过空气传播。所以沙眼患者应避免交叉感染，尤其是家庭内要注意，不要共用一块毛巾、不要共用脸盆，避免沙眼接触性感染发生。