肛瘘的治疗方法一般包括以下几个方面：
1、保守治疗，首先选用药物治疗，包括口服抗生素、口服中药和中药坐浴，可在一定程度上缓解肛瘘症状；
2、手术治疗，临床上以瘘管切开术、瘘管切除术为主，将瘘管全部切开或者切除，通过肉芽组织的生长使伤口缓慢愈合，可以从根本上治愈肛瘘，其适用于低位肛瘘。对于瘘管在外括约肌深部以上的肛瘘，临床上采用挂线治疗。