宫外孕化疗针的副作用因人而异，部分人可能没有反应，部分人的反应可能需几个月才能恢复。宫外孕药物治疗中的一种方法是使用甲氨蝶呤(MTX)，是化疗药物，可以用于恶性肿瘤，还可以作用于滋养细胞，使滋养细胞退变、坏死，导致输卵管妊娠流产而避免手术。
但其作为化疗药，有可能会引起脱发、骨髓抑制，包括白细胞、红细胞、血小板降低，还有肝功能异常、肾功能异常等，严重情况下还有可能导致肾衰竭、肝衰竭。对于宫外孕患者，由于给的剂量较小，因此部分患者可能没有任何症状，但部分较敏感的患者可能会出现肝衰竭、肾衰竭，需要住ICU(重症加强护理病房)来进行治疗。所以在治疗前会常规进行肝、肾功能、血常规的检查，如果有禁忌证，则无法使用MTX。