所有与消化相关脏器的疾病，都属于消化内科的疾病。食管、胃、小肠、结肠、肝、胆、胰等脏器出现相关内科疾病，属于消化内科疾病，如各种原因导致的反流性食管炎、食管溃疡，以及慢性胃炎、胃溃疡、十二指肠溃疡、贲门黏膜撕裂、食管-胃底静脉曲张，以及消化道早癌。
小肠可以做小肠镜，观察或者发现消化道出血的原因，比如小肠出血、麦克尔憩室、小肠的间质瘤。结肠包括常见的结肠感染、肠炎、溃疡性结肠炎、克罗恩病，以及肠道肿瘤、放射性肠炎、缺血性肠炎等。肝、胆、胰的疾病，包括各种原因所致的肝炎，比如病毒性肝炎、药物性肝炎、代谢性肝炎、自身免疫性肝病、原发性胆汁性胆管炎，以及胆系的问题，比如胆囊炎、胆总管结石、急性胰腺炎和慢性胰腺炎等，均属于消化内科范畴。
