肠炎病因不同，预后也不同。部分肠炎不吃药也可以好转，如病毒性感染引起的肠炎。部分感冒患者可以出现腹痛、腹泻等情况，症状往往与感冒病毒有关，经过休息、暂时禁食等措施可以自愈。大多数肠炎病因与细菌感染、霉菌感染、自身免疫有关，病程较长，预后相对较差，不吃药难以自愈。
细菌感染引起的肠炎，需要及时服用抗感染药物。霉菌感染引起的肠炎，需要抗真菌治疗。自身免疫异常引起的肠炎，需要应用激素免疫抑制剂等药物治疗，有些少见结核引起的肠炎，需要抗结核治疗。不同原因引起肠炎类型不同，治疗措施也不同。如果发生了肠炎，建议积极到正规医院进行进一步检查明确病因，之后采取适当治疗措施。
