低位单纯肛瘘的复发率比较复杂。首先低位单纯肛瘘治疗方法现在非常多，手术方法包括切开引流、切开挂线、窦道切除、瘘管剔除、真皮填塞修补等，不同方法复发率也不同。
最有效的治疗方法是将窦道、瘘管切除，整个瘘管切除以后、感染原和感染灶全部清除以后伤口逐渐愈合，复发率非常低。而如果是采用其它所谓的微创、减少创面的方法，比如真皮填塞，现在还有肛瘘栓填塞，即将部分肛瘘窦道清理干净以后，将可以刺激肛门周围的生长物填塞进去。上述情况相对属于盲操作，即窦道不能完全打开，可能导致窦道探查并不是百分之百准确，复发率相对高一点，大部分统计在15%-20%之间。而完全窦道切除的复发率极低，可能在10%以下。