根尖囊肿的治疗方法需根据具体情况选择，并没有绝对的最好的治疗方法。

慢性根尖周炎若未得到及时治疗或根管治疗不完善，易形成根尖囊肿。治疗时，首先通过X光片检查囊肿病变范围，小囊肿可采用保守治疗即根管治疗，预后通常良好。

然而，对于范围较大、病变严重的根尖囊肿，根管治疗可能效果不理想，需进行根尖搔刮术或根尖切除术。

对于特别严重且预后不佳的根尖囊肿，可能建议拔除患牙，治疗方案的选择主要取决于病变范围。