乙肝三系主要是检查是否存在乙肝病毒感染、乙肝表面抗体，即保护性抗体产生。通常三系包括乙肝表面抗原、乙肝表面抗体、乙肝e抗原、乙肝e抗体、乙肝核心抗原和乙肝核心抗体，但是乙肝核心抗原入血后会消失，因此只留下乙肝核心抗体，通常查乙肝五项时没有乙肝核心抗原。
如果上述五项中1、3、5阳性或者1、4、5阳性，代表感染乙肝病毒，只要表面抗原第一项阳性，就代表乙肝病毒已经感染。如果乙肝五项是全阴结果，代表从来没有感染过乙肝病毒，但对乙肝病毒也没有免疫能力，当乙肝病毒入侵时，有可能会感染乙肝病毒。如果要想免于乙肝病毒感染，需要有乙肝表面抗体存在，也就是乙肝五项第二项阳性。乙肝表面抗体是通过注射乙肝疫苗实现，注射完乙肝疫苗，如果第二项阳性，代表保护性抗体产生，乙肝病毒入侵时可以免于乙肝病毒感染。
