抗生素常用于治疗细菌感染，除细菌之外，感染相关的其它的微生物，比如病毒感染、真菌感染、寄生虫感染、支原体、衣原体、立克次体，都属于微生物感染，通常抗微生物治疗包括以上所有的微生物。治疗细菌感染常用抗生素是青霉素类以及β-内酰胺类的抗生素，包括青霉素类的和头孢类，以及碳青霉烯类抗生素。
日常发生的呼吸道感染和胃肠道的感染，常使用青霉素类，或者半合成青霉素类的阿莫西林或者是头孢类的抗生素进行治疗。其次，喹诺酮类的抗生素，比如氧氟沙星、环丙沙、莫西沙星、呼吸道喹诺酮，也可治疗呼吸道感染。四环素类抗生素临床应用较少，大环内酯类抗生素常用于治疗支原体、衣原体感染。外用的抗生素如莫匹罗星、夫西地酸，当发生皮肤感染时，可使用外用抗生素治疗。