只要遵医嘱规律用药，衣原体阳性并不难治，且可以彻底治愈。衣原体阳性表示机体存在衣原体感染，临床常根据感染衣原体的类型及感染部位的不同，采取药物治疗为主的综合治疗方式，具体如下：

1、呼吸道感染：肺炎衣原体导致的呼吸道感染，一线治疗药物是四环素、多西环素、红霉素、阿奇霉素和克拉霉素；

2、沙眼：沙眼衣原体感染所导致的沙眼，可局部应用15%磺胺醋酰钠滴眼液或红霉素软膏。急性期或严重沙眼，应进行全身的抗生素治疗，口服多西环素或红霉素；

3、包涵体性结膜炎：沙眼衣原体导致的包涵体性结膜炎，局部使用15%磺胺醋酰钠滴眼液。如果需要全身用药，婴儿和成人均可使用红霉素，成人也可以口服多西环素；

4、泌尿生殖系统感染：沙眼衣原体导致的泌尿生殖系统感染，推荐使用阿奇霉素或多西环素；

5、性病淋巴肉芽肿：沙眼衣原体导致的性病淋巴肉芽肿，可选用多西环素、米诺环素、四环素或红霉素。

需要注意的是，以上药物必须在医生指导下应用。治疗期间患者应注意休息、避免熬夜、勤换内裤。患者日常三餐以清淡、易消化的饮食为主，避免食用生冷、辛辣、刺激性的食物，并且应严禁烟酒、避免房事。