眼睛出现小囊肿，主要依赖于手术切除的方式进行治疗。患者需要明确是眼睑皮下的囊肿，即皮下囊肿，还是在睑结膜面的囊肿，即将眼皮翻转后的囊肿，即睑板腺囊肿，上述眼睛囊肿通常是依赖于手术治疗，但也有所不同，具体情况如下：
1、眼睑皮下囊肿：在患者的眼睑皮肤毛囊开口得到充分清洁后，有时可以自行消失。如果眼睑皮下囊肿持续性增大或突然增大时，可以进行切除，由于切口在皮肤面，术后可能遗留瘢痕；
2、睑结膜面囊肿：即睑板腺囊肿，由于手术切除时切口是在结膜面，因此手术后不会产生瘢痕，且愈合时间较短，只需要1天时间。同时睑板腺囊肿可以通过热敷，以及滴用抗生素眼药水进行治疗，只要睫毛根部的睑板腺开口再次开放，睑板腺囊肿可以不进行手术而可以自愈。
因此对于眼睛囊肿而言，需要区分是皮下囊肿还是睑板腺囊肿，二者处理原则不同，睑板腺囊肿可以不通过手术达到自愈。
